Toutefois, deux difficultés apparaissent.
Tout d’abord, la prise en compte du seul budget principal favorise les collectivités qui gèrent des activités non concurrentielles en budget annexe, comme les ordures ménagères par exemple. Ainsi, pour ces collectivités, ayant institué la REOM, les recettes OM ne figurent pas au budget principal, à l’inverse des collectivités qui financent les ordures ménagères par la TEOM, qui n’ont pas l’obligation de gérer le service en budget annexe (et celles qui financent les OM par le budget principal). Les secondes subiront une minoration de la DGF plus élevée, du fait de recettes réelles de fonctionnement du budget principal plus élevées, que les premières.
Ensuite, les produits exceptionnels sont dans les recettes réelles de fonctionnement. Ainsi, à l’occasion d’une opération de cession d’immobilisation, suite à la perception d’indemnités de sinistres, ou suite à l’annulation du mandat d’un exercice antérieur (émission d’un titre en 77), les recettes réelles de fonctionnement peuvent être majorées, et donc la minoration de la DGF amplifiée.
La minoration de la DGF sera alors un nouveau droit de mutation (DMTO), ou une taxe sur les indemnités de sinistre, ce n’était probablement pas l’effet recherché.