Avec l’automatisation du FCTVA rentrée en vigueur au 1er janvier 2021 et généralisée à toutes les collectivités depuis le 1er janvier 2023, les collectivités sont confrontées au risque d’exclusion de la récupération de celui-ci sur les dépenses d’investissement pour la création de MSP.
L’article L1511-8 du code général des collectivités indique que :
« Les investissements immobiliers réalisés, par les communes et leurs groupements, dans les zones définies au premier alinéa du présent I, les zones de revitalisation rurale ou les territoires ruraux de développement prioritaire, et destinés à l’installation des professionnels de santé ou à l’action sanitaire et sociale, sont éligibles au Fonds de compensation pour la taxe sur la valeur ajoutée. ».
De plus, depuis la réforme de l’automatisation du FCTVA, les dépenses d’investissement sur les bâtiments que les collectivités n’utilisent pas pour leur propre usage et mettent à disposition de tiers non éligibles au FCTVA (comme les professionnels de santé) ouvrent droit au bénéfice du FCTVA.
Néanmoins, les dépenses doivent être comptabilisées au compte 2132 « Immeubles de rapport » et celui-ci est exclu du dispositif d’automatisation.
Dès lors, alors même que les dépenses ouvrent droit au bénéfice du FCTVA, l’imputation comptable exclue ces mêmes dépenses du dispositif.
Il est donc conseillé de créer un budget annexe soumis à TVA pendant toute la durée de la construction ce qui permettra de récupérer la TVA grevant les situations de travaux. Une fois le bâtiment achevé le budget annexe pourra constater une livraison à soi-même pour le coût total HT majoré de la TVA, envers le budget principal. Cette TVA devra être reversé au service des impôts par le budget annexe et le budget principal constatera la dépense TTC dans le compte 2132.
Lors de l’automatisation du FCTVA, il faudra déposer l’Etat déclaratif n° 2 et faire apparaître à la ligne « situation particulière d’assujettissement à la TVA » le coût total TTC en y joignant toutes les pièces justificatives ayant permis d’en calculer le coût, ainsi que la convention ou le projet de convention pour l’utilisation de la MSP.
Dans ce cas, cela permettra à la collectivité de bénéficier du FCTVA, conformément à l’article L.1615-4 du CGCT :
« Lorsqu’une collectivité territoriale, un établissement public ou un groupement utilise un bien d’investissement pour les besoins d’une activité qui cesse d’être soumise à la taxe sur la valeur ajoutée, il peut obtenir un versement au titre du Fonds de compensation pour la taxe sur la valeur ajoutée égal à la fraction de la taxe afférente à ce même bien qu’il a été tenu de reverser en application des règles prévues pour les personnes qui cessent de réaliser des opérations ouvrant droit à déduction. »
Article L.1615-4 CGCT